樟树镇历史悠久。距今四千五百多年前，先民们就开始在这片土地上劳动、生活和繁衍。 活跃在樟树一带的早期居民，是古三苗族的一支，叫做“越族”。他们从原始人群中走了出来，度过了漫长的母系氏族时代，在赣江两岸的丘陵冈阜地区依山傍水建立居民点，或架木为巢，或掘地为穴。他们利用山上的青石和麻石，磨制成斧、锛、凿、网坠等简陋工具，在莽莽森林中打猎，滔滔赣江边捕鱼，并开始了原始的农业和畜牧业，过着共同劳动、共同享受的生活。后来，他们学会了制陶、冶铜和纺织，有了陶制的鼎、罐、豆和青铜浇铸的戈、矛、钺、铲等，也出现了专门从事手工业劳动的人。
尤其值得称道的是，先民们已经使用了文字符号。出土的144个刻划符号和陶文中，有数词、名词和动词。一件泥质灰陶钵的底部就刻着“八土村田”四个字，据专家们考证，这是表达祭祀田神，翻犁土地的意思。
名闻中外的吴城商代遗址中出土的铜碳渣、石港和大量青铜器表明先民们创造了灿烂的青铜文化，打破了商文化不过江的定论；龙窑和瓷器的出土，表明已有原始制瓷业。那铺着陶瓷片的回廊和象征权利的列鼎，又可见这里决非一般村落，而是分封的都邑。大批青铜武器的出土，又使人想象到一支装备精良的军队的雄姿。
樟树镇周围，分布着自新石器时代到春秋战国的遗址达120余处，可见这里在两千多年前就已村落祺布，经济繁荣。这为秦汉建立淦阳镇、潇滩镇、吴平镇等城镇奠定了基础。
据传，早在秦之前，东屏阖皂山，西临赣江古渡口的地方，就有彭、刘、喻、杜四个古村落。那时，这里樟树成林，浓荫蔽日。有位老者在渡口的樟树荫下摆茶摊，人们逐渐聚在一起交换些产品。后来，陆续发展起一些手工业作坊和店铺，遂出现一条小街把四个村落联了起来，俗称"土街仔"。这便是樟树镇的雏形。
口碑传说和考古发现都打破了旧志上关于樟树镇是"古荒服之地"的说法。 樟树一带，春秋属吴、属越，战国属楚。《通鉴纲目》记载，秦始皇二十四年（公元前223），秦灭楚，俘虏了楚王负刍。第二年，秦统一天下后，废封建，立郡县，把天下分为三十六个郡。当时，樟树一带属九江郡新淦县。樟树镇是新淦县县治所在，名叫“淦阳”。
这是因为有淦水发展骊岭，流经紫淦山，蜿蜒向西北，于樟树之南注入赣江，水以山名，县以水名，而县治在水之阳之故。此后，淦阳作为新淦县县治810年，成为全县政治、经济、文化中心。
明崇祯《新淦县志》记载：隋开皇九年（587年）置洪州总管府，改庐陵郡为吉州，省巴山郡，新淦县改隶吉州。
县令李子乐以县城远离州治，将县治迁到南市村，即今金川镇。县治南迁后，淦阳改称清江镇。因镇临袁河与赣江合流之后的江段，这里江水波流澄澈，古称清江。
明崇祯《清江县志》记载，南唐升元二年（938年）8月，清江镇西南三十里的潇滩镇（今临江镇），有位巡使吴鸾，以"潇滩之地，当南粤、虔、吉、洪之冲，舟车辐辏，有仓廪兵戈之积"为由，奏请置县。南唐主李升准其所奏。据《南唐书》载：“升元二年八月戊戌，升洪州潇滩镇为清江县，不隶州，谓直隶于节度使也，割高安之建安、修德，新淦之崇学合三乡为县”。当时，清江镇地处新淦之崇学乡，因而划归清江县。清江镇与清江县名同而非县治，容易产生混淆。而清江镇历来俗呼樟树。至此，便更名樟树镇。
清道光《清江县志》记载：“木之属有樟，诸材独此为最，故古称豫章地，以材著也”。樟树镇得名的由来，本是镇在樟树林中，以树名镇，俚语俗称。直至清初，镇内还有八棵被视为樟树镇命名依据的古樟树。解放初期，仍有一株枯樟树残存。清代诗人查慎行的《樟树镇》诗云：
潇滩流下棹歌声，一曲清江见底清。
老树不知生意尽，尚凭古社占村名。 还有一些神话传说，如《搜神后记》、《豫章记》、《太平御览》、《宣室志》等，都记有三国对东吴大将聂友"夜射白鹿，中樟灭怪"的故事。大意是聂友打猎，逐白鹿至此，矢中大樟，灭了樟树精。由此，樟树镇又有"鹿江"、"鹿渚"的别称。
自南唐升元二年清江建县以来，樟树镇一直属清江县。樟树虽非县治，但地位重要。明代熊化曾评论说："樟镇于邑治，股肱也；以奉腹，则禁喉也。"它与设过军、路、府、县治的临江镇在地势上互为犄角，在经济上互相抗衡，在文化上也相互颉顽。
随着岁月的流逝，伴着历史的变迁，樟树镇逐渐成为江西四大古镇之一。明吏部左侍郎熊化在《樟树镇记》中称之为“八省通衢之要冲，赣中工商之闹市”。樟树镇尤以其传统的药材交易市场和精湛的药材炮制技术闻名全国，被称为“江南药都”。
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